La Institución Educativa San Francisco tiene como propósito fundamental formar en la convivencia para que los estudiantes y profesores entablen relaciones armónicas, participativas y democráticas que puedan contribuir a la construcción de una nueva sociedad y un nuevo país.

Para ello, prepara a los niños y a los jóvenes para la búsqueda de la dignidad fundamental y el respeto por la verdad que habita en cada individuo.  Respeta la cultura de hoy, reconociendo los nuevos valores con una visión prospectiva y dinámica.  Tiene fe en el cambio y lo promueve para el logro de la igualdad y la justicia.

La Institución Educativa San Francisco en su condición de generadora de acciones de formación brinda a sus estudiantes la posibilidad de desarrollar sus potencialidades con sentido de responsabilidad social, que le permitan integrarse y adaptarse al entorno y a todas sus realidades.

La filosofía institucional, propende por vincular en sus estudiantes valores esenciales dirigidos al fortalecimiento de los elementos condensados en nuestro lema VIDA, CIENCIA Y UNIDAD aunado  a un proyecto de vida productivo y ético.